2000-2004 yılları arasında Muğla Milas'ta, 2004-2007 yılları arasında Muş Korkut'ta, 2011-2013 yıllarında Batman Gercüş'te İlçe Jandarma Komutanlığı görevlerini yürüttü. 2007-2011 yılları arasında Şanlıurfa İl Jandarma Komutanlığı'nda KOM Şube Müdürlüğü yaptı. Jandarma Genel Komutanlığı'nda Göç, Kaçakçılık ve Sınır Şube Müdürlüğü görevini üstlendi. 2013-2017 yıllarında Avrupa Birliği Şube Müdürlüğü ve Uluslararası İşbirliği ve Güvenlik İşleri Şube Müdürlüğü görevlerini yürüttü.
Fatih Cemal Kiper, Konya Selçuk Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Kamu Yönetimi alanında yüksek lisans yaptı. İstanbul Kara Harp Akademisi'nde altı ay süreli Komutanlık ve Karargâh Subaylığı (KOMKARSU) eğitimini tamamladı.
2017-2018 yıllarında Bayburt İl Jandarma Komutanlığı, 2018-2021 yılları arasında Personel Temin Merkezi Komutanlığı, 2021-2023 yılları arasında Jandarma Genel Komutanlığı Strateji ve Dış İlişkiler Başkanlığı'nda Dış İlişkiler Daire Başkanlığı görevlerini üstlendi. 2023-2024 yıllarında Kars İl Jandarma Komutanlığı görevinde bulundu.
Cumhurbaşkanlığı'nın 2024/274-275 sayılı Kararnamesi ile Tuğgeneral rütbesine terfi etti. Ağrı İl Jandarma Komutanı olarak atandı.
Tuğgeneral Fatih Cemal Kiper evli ve bir çocuk babasıdır. İyi derecede İngilizce bilmektedir.